Okulumuz 2012-2013 eğitim – öğretim yılında Cumhuriyet Mahallesinde bulunan Barbaros Hayrettin Paşa İlköğretim Okulu binasında Harput İmam Hatip Lisesi adı ile eğitim-öğretime başlamıştır.
2013 yılı eylül ayında şuan kullandığımız yeni binasına taşınmıştır.
Okulun ismi valilik oluru ile 2013-2014 eğitim-öğretim yılında Şehit Piyade Binbaşız Zafer Kılıç Anadolu İmam Hatip Lisesi olarak değiştirilmiştir.
Okulumuz bünyesinde sonradan imam hatip ortaokulu alt tür olarak açılmıştır.